Приказ Министерства транспорта о реорганизации двух крупных отраслевых вузов - Санкт-Петербургского государственного университета водных коммуникаций (СПГУВК) и Государственной морской академии имени адмирала С.О. Макарова (ГМА) в форме присоединения академии к университету несомненно положительно скажется на всем отраслевом образовании. Такое мнение высказал президент Московской государственной академии водного транспорта (МГАВТ), генеральный директор ОАО «Московское речное пароходство» Константин Анисимов. По его словам, такая реорганизация позволит сконцентрировать на одной учебной площадке профессорско-преподавательский состав, материально-техническую базу, что позволит повысить эффективность учебного процесса и научной работы.
Анисимов отметил, что решение Министерства транспорта о присоединении ГМА им. Макарова к СПГУВКу было продуманным и взвешенным, оно полностью отвечает задаче сохранения отраслевого образования в условиях всероссийской реформы образования. «Только создав единые морские образовательные центры по принципу один город – один вуз, мы сможем сохранить российскую школу подготовки плавсостава и управленческих кадров для флота», - подчеркнул Анисимов.
Министр транспорта Российской Федерации Максим Соколов 11 сентября 2012 года подписал соответствующий  приказ о реорганизации вузов. Новый вуз будет называться Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова.

Государственная морская академия имени адмирала С.О. Макарова ведет свою историю с 7 мая 1876 года. Академия имеет 8 выпускающих факультетов: судоводительский, международного транспортного менеджмента, судомеханический, электромеханический, радиотехнический, арктический, с 2009 года - юридический, с 2010 года - факультет экономики. В 1994 году академия прошла аттестацию отдела образования и сертификации IMO.

Санкт-Петербургский государственный университет водных коммуникаций ведет свою историю с 1809 года, когда в Петербурге был учрежден Институт Корпуса инженеров водяных и сухопутных сообщений. В настоящее время университет представляет собой Отраслевой учебный комплекс непрерывного образования для водного транспорта, где обучение студентов и курсантов ведется по специальностям инженерно-технического, естественнонаучного и гуманитарного профиля.